教会大学有以下几个共同特点：学校的行政、经济及人事大权始终掌握在外国差会和传教士手中；以宗教教育为教学重点；有一套自成体系的教学管理制度；注重英语教学；反对学生运动；由于学位得到外国承认，故留学生多。
由上可知，晚清教会学校的发展史以第二次鸦片战争为界，可以划分为两个阶段，即形成阶段和发展阶段。从这两阶段的对比来看，有极为明显的不同之处：
第一是招生对象的改变。早期教会学校在中国社会中所受到的“礼遇”，是一种“处处诟谇，与之为敌”的对待，故此所招学生全是“贫苦童稚”，并且还“与以衣食”。正因如此，有的传教士称这一时期的教会学校是“慈善学校”。但1860年以后，这种招生情况逐步在发生着改变，教会学校的大门开始朝向富有阶层的人家，原来“不断为乞丐们开义务学校”的办学方针，渐渐被修改成“让富有的聪明的中国人先得到上帝的道理”。尤其19世纪80年代后，有的教会学校几乎成了名副其实的中国贵族学校。[65]